Story（Desert編）
謎の男の試験
山小屋風の大きなログハウスに到着すると、待っていましたとばかりに謎の男の歓迎の声が聞こえてくる。男はCJにかなりの興味を持っており、CJのことをもっと知りたいという。CJはよくわからないまま4WSのモンスタートラックを運転し、指定された道なき道を見事に走破する（Monster）。
“試験”に合格したCJは、牧場の小屋に呼び出される。
トレノと砂漠の飛行場
マイク・トレノ
小屋に到着したCJを待っていたのは、トレノだった。まさかの人物が目の前に登場し、CJはうろたえる。トレノはとある政府機関に所属していることを告白する。身分を隠してロコ・シンジケートを利用し利権を得るとともに、対立組織と戦っていたようだ。トレノは自分にできないことをCJにやらせたい考えで、とあるトラックから資料を強奪するように指示する。このミッションは、シーザーも巻き込んで実行させられる（Highjack）。
小屋ではトレノが組織と通信を行っていた。CJの姿を見たトレノは、早速次の指示を出そうとするが、堪り兼ねたCJはスウィートの居場所を吐かせようとする。しかし、トレノはスウィートの収監されている部屋番号まで冷静に答える。トレノはトレノで微妙な立場にあり、スウィートを担保にしている。国の内外の腐った連中同士を戦わせて国を維持しているのだという。トレノはCJを無理やり落ち着かせると、密輸ヘリからブツを回収する任務を指示する（Interdiction）。
いい加減に兄貴を開放するようにCJは迫るが、トレノは首を縦に振らない。スウィートについてはただの方便だったという。唐突に、とある物件の購入を指示されたCJは、砂漠の中にある飛行場を8万ドルで購入する（Verdant Meadows）。
早速トレノから電話があり、その飛行場で操縦技術を学ぶように命令する。案の定スウィートの身の安全を担保にされ、CJはしぶしぶ了承する。周りに誰もいない寂しい飛行場で、CJはコツコツと操縦技術を磨き上げていく。
操縦に自信がついてきたころ、トレノが飛行場に現れる。自身は監視下にあるため、自らは行動に出られない立場を説明する。彼の指示で、小型プロペラ機を超低空飛行させて武器を運んだり（N.O.E.）、武器を密輸入する某組織のジェット貨物機に飛び乗って撃墜したりする（Stowaway）。
トゥルースがふらっと現れ、CJが政府機関の人間とかかわっていることに苦言を呈する。すべてが始まろうとしているなどと、よくわからないままそそのかされ、厳重警備のエリア69から極秘のジェットパックを盗まされる（Black Project）。今度はそのジェットパックを使って、走行中の貨物列車から、グリーン・グーという緑色に妖しげに光るよくわからないものを盗まされる。トゥルースの話では、これですべてが変わるという（Green Goo）。
ラスベンチュラスへ
ウージーから連絡がある。CJに頼みたい仕事があるという。CJは砂漠の東にあるLas Venturasというカジノ街に向かった。